Šolska vrata so se pri Sveti Ani odprla leta 1800. To so bila vrata lesene hiše, ki je stala ob cerkvi Svete Ane in je bila prvotno namenjena le za prenočevanje duhovnikov, ki so sem prihajali maševat. Ker v tem času župnija pri Sveti Ani na razpolagala z nobeno primernejšo stavbo, zasebni lastniki pa šoli niso bili najbolj naklonjeni, so pričeli pouk v omenjeni leseni mežnariji.
Šola je začela delovati kot enorazrednica, obiskovali pa so jo otroci iz sodnega okraja Mureck (Cmurek), Svetega Lenarta in sodnega okraja Radkersburg (Gornja Radgona). Za prvega učitelja je bil postavljen gospod Tassel, ki je opravljal še dolžnosti mežnarja. Leta 1816 je s pomočjo prostovoljnih prispevkov župnije bila postavljena zidana stavba z eno večjo sobo namenjeno za pouk.
Pouk je od leta 1846 potekal le v šolski zgradbi ob cerkvi, kasneje leta 1894 pa so preuredili za šolske namene še prostore bivšega posestnika Josipa Baumana na Kremberku. Šola pri Sveti Ani je postala trirazredna že leta 1877, štirirazrednica pa leta 1898.
S šolskim letom 1912/13 šola postane petrazredna. Pouk se je izvajal celodnevno z opoldansko prekinitvijo.
V času prve svetovne vojne se je pouk začel 1. avgusta 1914. Leta 1927 je šola na Sv. Ani postala šestrazrednica. V šolskem letu 1935/36 se uradno preimenuje v Osemrazredno državno narodno šolo z osmimi razredi in tremi vzporednicami. Okupacijska leta so šoli pustila močne posledice. Popis šoloobveznih otrok je bil nenatančen, njihova znanja slaba, pouk je potekal v nemškem jeziku.
Temelji sodobne šole pri Sv. Ani so bili postavljeni v šolskem obdobju 1970/71. Število otrok na takratni centralni šoli (1885 sezidana nekdaj samostojna šola v Lokavcu je bila priključena 1964 kot podružnica Lokavec) je naraščalo. 1973 leta se je odprlo gradbišče, kjer se je začela graditi sedanja šola. Pouk v novi šolski zgradbi, ob njej je stala tudi šolska telovadnica se je pričel 1974/75. Istega leta je šola vzpostavila prijateljske in delovne odnose s kolektivom in učenci OŠ Jovan Jovanović – Zmaj iz Brusa v Srbiji.
Prvega oktobra 1993 je šola dobila naziv OŠ Sv. Ana v Slovenskih goricah. S priključitvijo vrtcev (vrtec Sv. Ana in vrtec Lokavec) k šoli se 1999 spremeni ime šole v JVI in VVZ OŠ Sveta Ana. Od leta 2008 (september) ima šola skupaj z vrtcem ime: OŠ Sveta Ana.